Nhận được quyết định thanh tra thuế, kiểm tra lao động hay kiểm tra việc thực hiện dự án đầu tư là tình huống mà hầu hết công ty vốn nước ngoài sẽ gặp trong quá trình hoạt động tại Việt Nam. Với nhiều nhà đầu tư, đây là trải nghiệm căng thẳng vì khác biệt ngôn ngữ, thủ tục và cách làm việc của cơ quan nhà nước. Thực tế, thanh tra doanh nghiệp FDI không đáng lo nếu công ty hiểu rõ quyền, nghĩa vụ của mình và chuẩn bị đúng cách. Bài viết này, từ kinh nghiệm đồng hành cùng doanh nghiệp FDI qua nhiều đợt thanh tra, kiểm tra của Nosouno, giúp bạn biết cần chuẩn bị gì, quy trình làm việc với đoàn diễn ra thế nào, cách giải trình hiệu quả và rủi ro nếu xử lý sai.

Thanh tra và kiểm tra khác nhau thế nào?

Trước khi chuẩn bị cho đợt thanh tra doanh nghiệp FDI, công ty cần biết mình đang đối mặt với hình thức nào, vì quy trình và hệ quả khác nhau.

Thanh tra do cơ quan thanh tra hoặc cơ quan được giao chức năng thanh tra thực hiện theo Luật Thanh tra số 84/2025/QH15. Thanh tra có phạm vi rộng, thời gian dài hơn, kết thúc bằng kết luận thanh tra và có thể kiến nghị xử lý vi phạm.

Kiểm tra chuyên ngành do cơ quan quản lý nhà nước trong từng lĩnh vực thực hiện, như thuế, lao động, phòng cháy chữa cháy, môi trường, an toàn thực phẩm. Từ ngày 05/8/2025, hoạt động này được điều chỉnh bởi Nghị định 217/2025/NĐ-CP, với nguyên tắc ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa dựa trên dữ liệu điện tử và có thể miễn kiểm tra trực tiếp cho doanh nghiệp tuân thủ tốt.

Thanh tra doanh nghiệp FDI có thể là theo kế hoạch (được công bố từ đầu năm) hoặc đột xuất (khi có dấu hiệu vi phạm, đơn khiếu nại, tố cáo).

Một điểm quan trọng: theo Nghị quyết 198/2025/QH15, từ ngày 17/5/2025 việc thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp về cơ bản không quá một lần mỗi năm, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm rõ ràng. Nếu doanh nghiệp nhận nhiều quyết định trong cùng năm với nội dung trùng lặp, đây là căn cứ để trao đổi với cơ quan ra quyết định.

Khi nhận quyết định thanh tra, cần kiểm tra những gì?

Ngay khi nhận quyết định, việc đầu tiên không phải là lục tìm hồ sơ mà là đọc kỹ quyết định. Đây là bước mà nhiều công ty bỏ qua trong đợt thanh tra doanh nghiệp FDI đầu tiên của mình.

Những thông tin cần xác định:

• Cơ quan và người ký quyết định: có đúng thẩm quyền với lĩnh vực và doanh nghiệp không.
• Nội dung, phạm vi: thanh tra những vấn đề gì, giai đoạn nào (ví dụ thuế các năm 2023–2025).
• Thời hạn: số ngày làm việc tại doanh nghiệp, ngày bắt đầu.
• Thành phần đoàn: trưởng đoàn, thành viên, đầu mối liên hệ.
• Danh mục tài liệu yêu cầu và thời hạn cung cấp.

Sau đó, doanh nghiệp nên:

• Thông báo ngay cho ban lãnh đạo và công ty mẹ, đặc biệt khi người đại diện theo pháp luật đang ở nước ngoài.
• Chỉ định một đầu mối duy nhất làm việc với đoàn, kèm phiên dịch nếu người quản lý không thạo tiếng Việt.
• Lập danh sách người sẽ trực tiếp làm việc và phân công trách nhiệm.

Kinh nghiệm của chúng tôi qua nhiều đợt thanh tra doanh nghiệp FDI: chỉ nên cung cấp tài liệu trong phạm vi quyết định và yêu cầu bằng văn bản của đoàn. Cung cấp tràn lan không giúp doanh nghiệp “thể hiện thiện chí”, mà có thể mở rộng phạm vi xem xét ngoài dự kiến.

Các nội dung thanh tra doanh nghiệp FDI thường tập trung

Từ thực tế hỗ trợ khách hàng, chúng tôi thấy thanh tra doanh nghiệp FDI thường xoáy vào năm nhóm nội dung. Biết trước những điểm này giúp công ty chuẩn bị đúng trọng tâm.

Giao dịch liên kết và chi phí trả cho công ty mẹ. Phí quản lý, phí bản quyền, lãi vay nội bộ, giá mua bán với bên liên kết là trọng tâm của thanh tra doanh nghiệp FDI về thuế. Đoàn sẽ hỏi dịch vụ có thực sự được cung cấp không, giá có tương đương giao dịch độc lập không.

Lỗ kéo dài nhưng vẫn mở rộng. Doanh nghiệp báo lỗ nhiều năm liên tiếp nhưng vẫn tăng quy mô thường được chú ý đặc biệt.

Lao động nước ngoài và bảo hiểm xã hội. Giấy phép lao động còn hiệu lực không, vị trí thực tế có khớp với giấy phép không, đã đóng bảo hiểm xã hội bắt buộc cho người lao động nước ngoài thuộc diện phải tham gia chưa.

Tiến độ dự án đầu tư. Vốn góp đã đủ chưa, dự án có triển khai đúng mục tiêu, tiến độ ghi trên giấy chứng nhận đăng ký đầu tư không, báo cáo định kỳ có nộp đúng hạn không.

Điều kiện kinh doanh và an toàn. Phòng cháy chữa cháy, môi trường, an toàn thực phẩm, điều kiện của ngành nghề có điều kiện. Đây là các kiểm tra chuyên ngành thường diễn ra tại cơ sở sản xuất.

Hồ sơ cần chuẩn bị cho thanh tra doanh nghiệp FDI

Hồ sơ phục vụ thanh tra doanh nghiệp FDI phụ thuộc vào nội dung đợt thanh tra, nhưng thường gồm các nhóm sau:

Nhóm pháp lý chung

Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp và các lần điều chỉnh; điều lệ; giấy phép con; quyết định bổ nhiệm người quản lý.

Nhóm thuế, kế toán

Báo cáo tài chính, tờ khai và quyết toán thuế, sổ sách kế toán, hóa đơn, hợp đồng kinh tế lớn, hồ sơ giao dịch liên kết, chứng từ thanh toán với công ty mẹ.

Nhóm lao động

Danh sách lao động, hợp đồng lao động, nội quy, thang bảng lương, bảng lương, chứng từ đóng bảo hiểm xã hội, giấy phép lao động của người nước ngoài, báo cáo tình hình sử dụng lao động.

Nhóm đầu tư, ngoại hối

Báo cáo tình hình thực hiện dự án, chứng từ góp vốn qua tài khoản vốn đầu tư nước ngoài, hồ sơ vay nước ngoài.

Trước ngày đoàn làm việc, nên tự rà soát nhanh để phát hiện sai sót và chuẩn bị sẵn giải trình. Với kinh nghiệm thanh tra doanh nghiệp FDI, tài liệu nên được sắp xếp theo đúng danh mục yêu cầu, đánh số, có bảng kê và biên bản giao nhận. Mọi tài liệu giao cho đoàn cần có bản sao lưu lại tại doanh nghiệp.

Quy trình làm việc với đoàn thanh tra, kiểm tra

Một đợt thanh tra doanh nghiệp FDI thường diễn ra theo các bước sau, dù là thanh tra hay kiểm tra chuyên ngành:

Bước 1: Công bố quyết định

Trưởng đoàn công bố quyết định và kế hoạch làm việc. Doanh nghiệp cử người có thẩm quyền tham dự, ghi nhận lịch làm việc và đầu mối.

Bước 2: Cung cấp hồ sơ và làm việc

Đoàn xem xét tài liệu, yêu cầu giải thích, có thể làm việc với từng bộ phận. Doanh nghiệp trả lời trung thực, chính xác; câu hỏi chưa rõ có thể xin trả lời bằng văn bản sau khi kiểm tra lại.

Bước 3: Lập biên bản

Kết quả làm việc được ghi vào biên bản. Theo Nghị định 217/2025/NĐ-CP, biên bản kiểm tra phải có chữ ký của trưởng đoàn và đối tượng kiểm tra. Đọc kỹ từng nội dung trước khi ký; nếu không đồng ý, ghi rõ ý kiến vào biên bản.

Bước 4: Giải trình

Với những nội dung đoàn cho là vi phạm, doanh nghiệp gửi văn bản giải trình kèm chứng cứ trong thời hạn đoàn yêu cầu. Đây là bước quyết định kết quả của cả đợt thanh tra doanh nghiệp FDI.

Bước 5: Kết luận và thực hiện

Cơ quan ban hành kết luận thanh tra hoặc thông báo kết quả kiểm tra. Doanh nghiệp thực hiện kiến nghị, nộp tiền thuế, tiền phạt (nếu có), khắc phục và báo cáo kết quả.

Cách giải trình hiệu quả với đoàn thanh tra

Giải trình là cơ hội quan trọng nhất để doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi trong thanh tra doanh nghiệp FDI. Một văn bản giải trình tốt có thể làm giảm đáng kể số tiền truy thu hoặc loại bỏ hoàn toàn một nhận định vi phạm.

Những nguyên tắc chúng tôi áp dụng khi soạn giải trình cho khách hàng:

• Trả lời đúng từng điểm: liệt kê từng nhận định của đoàn và trả lời lần lượt, không giải thích chung chung.
• Có căn cứ pháp lý cụ thể: dẫn chiếu điều, khoản của văn bản đang có hiệu lực tại thời điểm phát sinh nghiệp vụ, không phải văn bản hiện hành nếu đã thay đổi.
• Có chứng cứ đi kèm: hợp đồng, biên bản, email, báo cáo, bảng tính. Lời giải thích không có chứng cứ thường không được chấp nhận.
• Phân biệt sai sót và vi phạm: với lỗi thủ tục đã tự khắc phục trước khi bị phát hiện, cần nêu rõ thời điểm và cách khắc phục.
• Đúng thời hạn: giải trình nộp muộn có thể không được xem xét.

Trong xử phạt vi phạm hành chính, Luật Xử lý vi phạm hành chính cũng cho doanh nghiệp quyền giải trình trước khi cơ quan ra quyết định xử phạt trong những trường hợp luật định. Đây là quyền cần được sử dụng triệt để, nhất là khi doanh nghiệp có chứng cứ cho thấy mình không vi phạm hoặc đã tự khắc phục.

Sau kết luận: thực hiện kiến nghị và rút kinh nghiệm

Nhiều doanh nghiệp coi đợt thanh tra doanh nghiệp FDI kết thúc khi đoàn rời đi. Thực tế, giai đoạn sau kết luận cũng quan trọng không kém.

Trước hết, doanh nghiệp cần đọc kỹ kết luận thanh tra hoặc thông báo kết quả kiểm tra, đối chiếu với biên bản và văn bản giải trình đã nộp. Nếu kết luận có nội dung chưa phù hợp, doanh nghiệp có quyền khiếu nại hoặc khởi kiện theo quy định; thời hiệu khiếu nại quyết định hành chính theo Luật Khiếu nại là 90 ngày, nên cần quyết định sớm.

Với các kiến nghị được chấp nhận, cần lập kế hoạch thực hiện cụ thể: nộp tiền thuế truy thu, tiền chậm nộp, tiền phạt đúng hạn; điều chỉnh giấy phép; bổ sung hợp đồng, quy chế; báo cáo kết quả khắc phục cho cơ quan đã thanh tra.

Cuối cùng, mỗi đợt thanh tra doanh nghiệp FDI là một bài học. Chúng tôi luôn đề nghị khách hàng tổng hợp các điểm bị nhắc nhở thành danh mục rà soát nội bộ, cập nhật quy trình và đào tạo lại bộ phận liên quan. Doanh nghiệp làm tốt bước này thường được đánh giá là tuân thủ tốt ở các kỳ sau, và theo Nghị định 217/2025/NĐ-CP, có thể được ưu tiên kiểm tra từ xa thay vì kiểm tra trực tiếp.

Xử lý sai khi thanh tra doanh nghiệp FDI: rủi ro gì?

Cách doanh nghiệp ứng xử trong thanh tra doanh nghiệp FDI có thể làm hậu quả nặng hơn hoặc nhẹ đi đáng kể. Những rủi ro thường gặp khi xử lý sai:

• Bị xử phạt vì cản trở. Nghị định 217/2025/NĐ-CP nghiêm cấm đối tượng kiểm tra cản trở, không chấp hành yêu cầu, che giấu hoặc làm sai lệch chứng cứ, cung cấp thông tin không trung thực. Những hành vi này có thể bị xử lý riêng, ngoài vi phạm gốc.
• Mất quyền phản đối. Ký biên bản mà không ghi ý kiến, không giải trình đúng hạn khiến doanh nghiệp khó khiếu nại về sau.
• Truy thu và phạt tăng lên. Không chứng minh được chi phí, giao dịch hợp lý dẫn đến truy thu thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt.
• Bị mở rộng phạm vi. Thông tin mâu thuẫn hoặc cung cấp ngoài phạm vi có thể dẫn tới thanh tra mở rộng hoặc chuyển cơ quan khác xử lý.
• Hậu quả với người quản lý. Nợ thuế sau kết luận nếu không nộp đúng hạn có thể dẫn tới biện pháp cưỡng chế và tạm hoãn xuất cảnh với người đại diện theo pháp luật theo Nghị định 49/2025/NĐ-CP.

Vì sao nên nhờ Nosouno khi doanh nghiệp bị thanh tra?

Mỗi đợt thanh tra doanh nghiệp FDI là một quá trình có thời hạn chặt chẽ, đòi hỏi vừa nắm luật, vừa có kinh nghiệm làm việc trực tiếp với cơ quan nhà nước. Nosouno hỗ trợ doanh nghiệp trong toàn bộ quá trình:

• Trước đợt thanh tra: phân tích quyết định, rà soát nhanh hồ sơ theo phạm vi, phát hiện điểm yếu và chuẩn bị phương án giải trình.
• Trong đợt thanh tra: hướng dẫn sắp xếp tài liệu, cử chuyên viên hỗ trợ làm việc với đoàn, phiên dịch cho ban lãnh đạo nước ngoài, rà soát biên bản trước khi ký.
• Sau đợt thanh tra: soạn văn bản giải trình, tư vấn khiếu nại khi kết luận chưa thỏa đáng, hỗ trợ khắc phục và cập nhật hệ thống tuân thủ.
• Báo cáo song ngữ cho công ty mẹ về diễn biến và kết quả.
• Rà soát định kỳ giữa các kỳ để đợt thanh tra doanh nghiệp FDI tiếp theo không còn là nỗi lo.

Liên hệ Nosouno ngay khi nhận quyết định thanh tra, kiểm tra để được tư vấn kịp thời, giúp doanh nghiệp FDI của bạn chủ động và bảo vệ tốt nhất quyền lợi hợp pháp.